A 何が原因か？水害の内容によります。
質問内容
ニュースで報道されるような水害でも車両保険で補償されますか？
回答
水害と言う言葉のイメージには個人差があると思います。
当店取り扱い保険会社パンフレットでは
台風・たつ巻・洪水・高潮：〇と表記されています。
※地震・噴火またはこれらによる津波によって生じた損害は車両保険では補償されません。
つまりは
ニュースではいずれのケースも報道されていると思います。
実際に気になったケースをより具体的に問い合わせると個別回答が出来ると思います。
補償されない津波
車両保険では補償されない地震・噴火またはこれらによる津波が不安なかたは『地震・噴火・津波危険車両全損時一時金特約』を検討すると良いかもしれません。※車両保険（一般条件）に付加するオプション
おまけ
地震による火事（火災）は震災となり火災補償では補償されないのと同じようなニュアンスなのかなと思います。
被害時、その災害がどの分類となるか？分類をわけをおこないます。
家が燃えて火災に見えてもその原因が地震であれば震災（による火災）。
水被害にあっても地震や噴火が原因であれば一般的な洪水・高潮と分類が異なるので、補償内容によっては補償対象外となる場合もあるかも知れません。
